تعد مصفاة الخرطوم، المعروفة شعبيًا باسم مصفاة الجيلي، واحدة من أهم المنشآت النفطية في السودان. تأسست عام 1997 وبدأت عملياتها في عام 2000.
تقع المصفاة في منطقة الجيلي على بعد 70 كيلومترًا شمال الخرطوم، وتبلغ طاقتها القصوى 100 ألف برميل يوميًا، حيث تنتج في الظروف الطبيعية حوالي 10 آلاف طن من الجازولين و4500 طن من البنزين و800 ألف طن من غاز الطهي.
سيطرت عليها قوات مليشيا الدعم السريع منذ الأسابيع الأولى للحرب، واستخدمتها كقاعدة عسكرية وأقامت بها معتقلات للأسرى، فيما تعرضت لأضرار جسيمة وحرائق خلال الاشتباكات المتواصلة.
تعرضت اليوم الي احراق بالكامل بعد ان تم تدمير وحدات عديدة منها في فترات سابقة واتهمت الحكومة السودانية والقوات المسلحة الدعم السريع باحراق المصفاة وبادلت المليشيا ذات الاتهام للقوات المسلحة بانها هي من قامت باحراق المصفاة .
مصدر حكومي كشف عنرتكلفة المصفاة عند توقيع عقدها عام ١٩٩٨ وقال إنه كان في حدود المليار دولار وأن تفاصيلها كالاتي :
المرحلة الأولى ١٠٠ الف برميل في اليوم وتكلفتها ٦٥٠ مليون دولار .
وان المرحلة الثانية ٥٠ الف برميل في اليوم
وتكلفتها ٣٥٠ مليون دولار .
وقال إن تقييم المصفاة بتكلفة اليوم لا تقل عن ٧ مليار دولار .