تواجه المليشيا الإرهابية مشكلات عديدة اولها تصنيفها من المجتمع الدولي كمنظمة ارهابية.
بينما يواجه قادة المليشيا عقوبات محتملة في حال أصبح هذه التصنيف واقعاََ مع الحاح منظمات حقوق الإنسان والمنظمات السودانية التي تمتلك ملف جرائم المليشيا في دارفور و الخرطوم والجزيرة.
ومع الضربات الموجعة للمليشيا من قبل الجيش أصبحت خيارات المليشيا محدودة وحانت لحظات القضاء عليها.
